作为北京大学新历史阶段的改革者和创造者，蔡元培心目中的北京大学就应该是纯粹研究学问的机构。“学术至上、学术自由”的观点也明确规定出了北京大学的宗旨。但就在蔡元培出任北京大学期间，爆发了举世震惊的五四运动，北京大学的学生也成为了这场运动中的重要力量。

    1919年，第一次世界大战的战胜国在巴黎近郊的凡尔赛宫召开了战后和平会议。会上，中国代表最初提出的取消列强某些特权的七项希望条件及废除二十一条不平等条约的要求均被无理否决，最后和会竟将原德国在山东攫取的一切权益转由日本接管。在这危急的时刻，蔡元培迅即召集北京大学学生代表，告知这一消息，同时以北京欧美同学会名义急电中国首席代表章宗祥，劝诫其切勿在合约上签字。而北大学生闻风而动，当晚就在北河沿第三礼堂召开大会，把原来订在5月7日的“国耻日”举行的活动提前到5月4日。当天下午，北大等校的3000多名学生走上街头游行示威，要求“外争主权，内惩国贼”，随即火烧曹汝霖的住宅，痛殴章宗祥，而32名学生已遭警方拘捕。5月5日，蔡元培率领校长代表团和北洋政府进行了交涉，以人格做担保，要求释放被捕学生。

    在蔡元培和各大学校长的努力下，被捕学生最终获得了释放，而五四运动也取得了成功。

    对于这一事件，蔡元培的心情颇为复杂，他个人认为全国学风应该从热衷政治转为潜心学业，不鼓励学生，涉及政事。但此次中国外交失败，令他痛心疾首，环顾国人，只有青年学生敢于表达民意，在这冷漠麻木的社会里显得难能可贵。因此得知学生将采取行动，他没有全力阻止，而是保持某种放任的姿态。

    “五四”之后的北京大学呈现出自由活跃的局面，构成一派自由、开放办学的宏大气象。应当说，这气象来自蔡元培的教育理念，也是来自“五四”之后那活跃舒展的社会文化氛围，对现代的大学也有着深远的影响。